El colegio La Estancia San Isidro Labrador IED, inicia labores como resultado de la emergencia educativa en el año 1996 cuando se determinó que en las instalaciones de la escuela Perdomo funcionaran tres jornadas. Inicialmente se aprueba la creación de una nueva institución en el barrio Galicia. El 20 de febrero se solicita la construcción de la sede de bachillerato en el barrio la Estancia, proceso que toma alrededor de 6 años. El 17 de enero de 1996 inicia la primera etapa de la obra y terminó el 30 de enero de 1997, día en el cual el colegio debería iniciar sus labores académicas. El colegio inició sus labores en Marzo de 1997 en la nueva sede con los grados de 6°, 7° y 8°. Con el paso de los años se van abriendo grados de acuerdo a las necesidades y en el año 2.000 se tiene la primera promoción de Bachilleres.

En el año 2002 La Alcaldía Mayor de Bogotá y la SED, mediante la resolución No. 1677 del 28 de mayo de 2002 integran a los Colegios La Estancia y San Isidro Labrador de la localidad 19, como Colegio La Estancia San Isidro Labrador IED. A partir de este momento la nueva Institución asume el servicio educativo en básica primaria en San Isidro Labrador, ahora se conocida como la Sede B y, la básica secundaria y media en La Estancia o Sede A.